Područje Županije teritorijalno je organizirano u 5 gradova i 17 općina.

Bosanka, Brsečine, Dubravica, Dubrovnik, Donje Obuljeno, Čajkovica, Čajkovići, Gornje Obuljeno, Gromača, Kliševo, Knežica, Komolac, Koločep, Ljubac, Lopud, Mokošica, Mravinjac, Mrčevo, Nova Mokošica, Orašac, Osojnik, Petrovo Selo, Prijevor, Pobrežje, Rožat, Sudurad, Sustjepan, Šipanska Luka, Šumet, Trsteno, Zaton

Zakonom o područjima županija, gradova i općina utvrđena su naselja u sastavu gradova:

Dubrovnik:
Bosanka, Brsečine, Dubravica, Dubrovnik, Donje Obuljeno, Čajkovica, Čajkovići, Gornje Obuljeno, Gromača, Kliševo, Knežica, Komolac, Koločep, Ljubac, Lopud, Mokošica, Mravinjac, Mrčevo, Nova Mokošica, Orašac, Osojnik, Petrovo Selo, Prijevor, Pobrežje, Rožat, Sudurad, Sustjepan, Šipanska Luka, Šumet, Trsteno, Zaton

Korčula:
Čara, Korčula, Pupnat, Račišće, Žrnovo

Metković:
Dubravica, Glušci, Metković, Prud, Vid

Opuzen:
Buk Vlaka (Desna obala Male Neretve), Opuzen.

Ploče:
Bačina, Banja, Komin, Peračko Blato, Plina Jezero, Ploče, Rogotin, Staševica, Šarić Struga